Ab 1950
Eine außergerichtliche Einigung zwischen Gottfried Bermann Fischer und Peter Suhrkamp bringt Klärung und Trennung: Suhrkamp verlässt den Berliner und den Frankfurter Verlag, die beide an Bermann Fischer zurückfallen. Die von Suhrkamp betreuten Autoren können frei entscheiden, ob ihre Rechte an den »S. Fischer Verlag« (Bermann Fischer) oder an den »Suhrkamp Verlag« (Peter Suhrkamp) fallen sollen – für letzteres entscheiden sich beispielsweise Hermann Hesse und Bertolt Brecht. Beide Verlage nehmen ihren Sitz in Frankfurt am Main. Gleich im ersten Jahr des neuen S. Fischer Verlages wird mit der Herausgabe der Werke eines Autors begonnen, der erst in den fünfziger Jahren als »klassischer« Autor der Moderne wahrgenommen wurde: Franz Kafka. Als erster Band der von Max Brod besorgten Ausgabe erscheint Der Prozeß.
1952 startet die »Fischer Bücherei«. Dieses Taschenbuchprogramm wird für das Verlagsprofil immer wichtiger, nicht zuletzt durch Großprojekte wie das »Fischer Lexikon«, die »Fischer Weltgeschichte« und das jährlich neu erscheinende Nachschlagewerk »Fischer Weltalmanach«.
Ab 1953
Der S. Fischer Verlag beginnt 1953 damit, die Werke Sigmund Freuds einem großen Publikum bekannt bzw. neu bekannt zu machen. In den sechziger Jahren erscheinen dann die »Gesammelten Werke« und ab 1969 die »Studienausgabe in zehn Bänden« (herausgegeben u. a. von Alexander Mitscherlich). Im 125-jährigen Jubiläumsjahr beginnt S. Fischer mit der Veröffentlichung der legendären »Brautbriefe«, die Sigmund Freud und Martha Bernays während ihrer Verlobungszeit gewechselt haben.
Ab 1954 erscheinen Virginia Woolfs Werke in Einzelausgaben (bereits 1934 war bei S. Fischer die Erzählung Flush erschienen). Die angelsächsische Literatur ist eine tragende Säule des Programms geworden – unter anderem auch durch die Veröffentlichung der Bühnenstücke von Arthur Miller, Thornton Wilder und Tennessee Williams. In diesem Jahr erscheint auch die Erzählung Das Brandopfer von Albrecht Goes.
Das Tagebuch der Anne Frank erscheint 1955. Die Aufzeichnungen des jüdischen Mädchens sind sicherlich zu den wirkmächtigsten Schriften des 20. Jahrhunderts zu zählen.
Einen der größten Erfolge der Verlagsgeschichte bedeutet die deutschsprachige Ausgabe von Doktor Shiwago. Der Autor Boris Pasternak wird 1958 mit dem Literaturnobelpreis ausgezeichnet (Pasternak wird allerdings von der sowjetischen Führung gezwungen, die Ehrung abzulehnen).
Aus Altersgründen ziehen sich Gottfried Bermann Fischer und seine Frau Brigitte 1963 aus der Verlagsleitung zurück. Schrittweise wird der Verlag an Georg von Holtzbrinck verkauft. Die Programmgeschäftsführungen der folgenden Jahre und Jahrzehnte setzen die verlegerische Linie Samuel Fischers und Gottfried Bermann Fischers fort.
1966 wird das Taschenbuchprogramm im neugegründeten Fischer Taschenbuch Verlag weitergeführt.