Ab 1925
Der Arzt Gottfried Bermann tritt in den Verlag ein. Der zukünftige Schwiegersohn Samuel Fischers (im Jahr darauf heiratet er dessen Tochter Brigitte) soll, so die Absprache, die Leitung des Verlages im Fall des Ausscheidens von Samuel Fischer übernehmen.
Im Jahr 1929, das auch den Beginn der großen Wirtschaftskrise markiert, erscheint Alfred Döblins Roman Berlin Alexanderplatz im S. Fischer Verlag. Thomas Mann wird im November 1929 mit dem Literaturnobelpreis ausgezeichnet. Zu einem geradezu sensationellen Erfolg wird die »Volksausgabe« von Thomas Manns Buddenbrooks: Innerhalb von knapp zwei Monaten werden über 700.000 Exemplare verkauft.
Vom Beginn des nationalsozialistischen Regimes ab 1933 ist der S. Fischer Verlag sofort betroffen. Die Bücher von zahlreichen Autoren des Verlages können nicht mehr erscheinen beziehungsweise nicht mehr verkauft werden – für viele Schriftstellerinnen und Schriftsteller beginnt die schreckliche Zeit von Verfolgung, Flucht und Exil. Samuel Fischer und Gottfried Bermann Fischer (der den Familiennamen seiner Frau dem seinen angefügt hat) versuchen trotz aller Beschränkungen, Schikanen und Zensurauflagen, den Verlagsbetrieb in Deutschland aufrechtzuerhalten.
Ab 1934
Samuel Fischer stirbt am 15. Oktober 1934 in Berlin.
Der Verlag wird 1936 geteilt. Gottfried Bermann Fischer geht nach Wien, um dort mit einem Teil der Autoren bzw. Rechte (u.a. Thomas Mann, Hofmannsthal, Zuckmayer, Wassermann, Döblin) den »Bermann-Fischer Verlag« zu gründen. Der S. Fischer Verlag in Berlin unter der Leitung von Peter Suhrkamp versucht, unter den Bedingungen der Diktatur mit den Werken nicht verbotener Autoren (z.B. Hermann Hesse) weiterzuarbeiten.
Der »Anschluß« Österreichs 1938 bewirkt das schlagartige Ende des Wiener Verlages. Mit knapper Not kann die Familie Bermann Fischer nach Italien und von dort in die Schweiz fliehen. Der Bermann-Fischer Verlag wird dann mit Sitz in Stockholm neu gegründet und arbeitet nun als reiner Exilverlag, ohne die Möglichkeit, in Deutschland noch Bücher auf den Markt zu bringen. In diesem Verlag erscheinen in den Jahren darauf zum Beispiel Werke von Stefan Zweig und Franz Werfel.
Die Besetzung Norwegens 1940 durch deutsche Truppen und das drohende Übergreifen des Krieges auf Schweden (Bermann Fischer wird zudem von der schwedischen Polizei verhaftet) zwingen abermals zur Flucht – diesmal auf abenteuerlichen Wegen nach New York. Von dort führt Bermann Fischer die Geschäfte des Stockholmer Verlages weiter. Als weitere Unternehmung wird (gemeinsam mit dem Verleger Fritz H. Landshoff) die »L. B. Fischer Publishing Corporation« in New York gegründet. Der in Deutschland verbliebene Teil des Verlages ist immer stärkeren Repressionen ausgesetzt. 1942 wird der Verlag gezwungenermaßen in »Suhrkamp Verlag vorm. S. Fischer« umbenannt, der Name des Gründers wird später ganz gestrichen. Im April 1944 wird Peter Suhrkamp verhaftet und in Gestapo-Haft gefoltert. Nach einer Zeit im KZ Sachsenhausen kommt er erst wenige Wochen vor Kriegsende wieder frei.
Nach Kriegsende ist die Situation des geteilten Verlages ungeklärt. Der »Suhrkamp Verlag« wird in Berlin (1945) neu gegründet, dann der »Suhrkamp Verlag vorm. S. Fischer« in Frankfurt am Main (1946). Für das Stammhaus unter der Leitung von Bermann Fischer bleibt Stockholm Verlagssitz – hier erscheint auch 1947 die Erstausgabe von Thomas Manns Doktor Faustus.
1948 wird der Verlag nach Amsterdam verlegt und unter dem Namen »Bermann-Fischer/Querido Verlag« (wiederum ist Fritz H. Landshoff Teilhaber) neu gegründet. Außerdem nimmt eine Wiener Niederlassung den Betrieb auf.