Die sogenannte »Schwarze Reihe« hat sich seit 1977 der wissenschaftlichen und publizistischen Auseinandersetzung mit der Zeit des Nationalsozialismus gewidmet. Von Walter H. Pehle konzipiert, aufgebaut und bis 2011 auch betreut, sollte die Reihe einer sachlich historischen Aufarbeitung dienen und dadurch dem Verdrängen und Vergessen entgegenwirken. Nachdem die Titel in den ersten zehn Jahren als Einzeltitel wahrgenommen worden waren, wurde 1988 auf Initiative der Verlegerin Monika Schoeller eine neue Rubrik im Gesamtverzeichnis eröffnet: Fortan lief die Reihe offiziell unter der Bezeichnung »Die Zeit des Nationalsozialismus«.
Walter H. Pehle, der bei Wolfgang Mommsen in Düsseldorf mit einer Studie über die NS- Machtübernahme am Niederrhein promoviert hatte und Mitte der 1970er Jahre als Lektor zu S. Fischer kam, konnte in der Konzeption der Reihe nicht nur an die Emigrationsgeschichte und Exilerfahrung des Verlags anknüpfen. Der »Schwarzen Reihe« gingen einige Publikationen voraus, die sich mit dem Thema des Nationalsozialismus beschäftigen und breit rezipiert worden waren. Dazu gehörten vor allem Inge Scholls »Die Weiße Rose«, »Das Tagebuch der Anne Frank« und Walter Hofers Rundfunkdokumentation »Der Nationalsozialismus«. Pehle identifizierte weitere Titel in der Backlist des Verlags, die zu Unrecht untergegangen waren. Als erster Band der neuen Reihe wurde das »Nürnberger Tagebuch« des amerikanischen Gerichtspsychologen Gustave M. Gilbert neu aufgelegt. Weitere Neuausgaben sowie über Lizenzen erworbene Taschenbücher bildeten den Beginn der »Schwarzen Reihe«, die daraufhin zunehmend durch neue Projekte ergänzt wurde. Der Anteil dieser Originalausgaben erhöhte sich kontinuierlich. Inzwischen umfasst die Reihe Erlebnisberichte, Memoiren, wissenschaftliche Monographien, Dokumentationen und Sammelbände.