Ab 1886
Im Spätsommer 1886 gründet der 26-jährige Samuel Fischer seinen eigenen Verlag, sechs Jahre nachdem er als Buchhändlergehilfe von Wien nach Berlin gekommen ist. Erste literarische Publikation des neuen Verlages, zu dessen Programm zunächst beispielsweise auch Eisenbahnkursbücher gehören, ist Ende Januar 1887 Henrik Ibsens Schauspiel Rosmersholm. Mit der Gründung des Verlags hält auch die skandinavische Erzählkunst Einzug ins Programm, diese Tradition wird auch im Jahr des 125-jährigen Verlagsjubiläums mit der Neuübersetzung der isländischen Sagas fortgesetzt.
Ab 1890
Auch wenn Titel ausländischer Autoren (u.a. Dostojewskij und Zola) einen deutlichen Akzent im Verlagsprogramm setzen, wird der Verlag zum Forum für zeitgenössische deutsche Literatur, besonders für den deutschen Naturalismus. Gerhart Hauptmann wird 1890 zum Fischer-Autor – in diesem Jahr erscheint auch die Zeitschrift »Freie Bühne für modernes Leben« (Vorläuferin der »Neuen Deutschen Rundschau« und der noch heute erscheinenden »Neuen Rundschau«) zum ersten Mal, auch sie repräsentiert die anfänglich heftig umstrittene Literaturströmung des Naturalismus. Zug um Zug verwirklicht Samuel Fischer seine Vorstellungen: Eine wichtige Rolle in seinem Konzept der Präsentation von Literatur spielen die Gesamtausgaben noch lebender Autoren – diese verlegerische Linie, die mit einer dreibändigen Edition von Ibsen-Dramen 1890 beginnt, setzt sich im S. Fischer Verlag bis auf den heutigen Tag fort. Mitte der neunziger Jahre gerät die »Wiener Moderne« ins Blickfeld von Samuel Fischer. In seinem Verlag erscheinen nun auch die Werke von Arthur Schnitzler und Hugo von Hofmannsthal. Angesichts der Fülle an neuen Manuskripten und Autoren arbeitet seit 1896 der Schriftsteller und Kritiker Moritz Heimann als Lektor im Verlag.
Ab 1897
Ein 21-jähriger Autor sendet eine Novelle an die im Berliner S. Fischer Verlag erscheinende »Neue Deutsche Rundschau«. Der junge Schriftsteller, er heißt Thomas Mann, hat zwar schon kürzere Prosaarbeiten in Zeitschriften veröffentlichen können, ist aber noch unbekannt. Die Novelle Der kleine Herr Friedemann erscheint schon wenige Wochen später im Maiheft der »Rundschau«. »Ich war ein elfjähriges Kind, als er in Berlin seinen Verlag gründete. Zehn Jahre später war es der Traum jedes jungen Literaten, ein Buch bei S. Fischer zu haben, und meiner auch«, schreibt Thomas Mann im Rückblick auf diese Zeit. Im Frühjahr 1898 erscheint Thomas Manns erstes Buch bei S. Fischer: Der kleine Herr Friedemann (mit fünf weiteren Novellen) wird als Band VI der Reihe »Collection Fischer« ausgeliefert.
Ab 1901
Die Buddenbrooks erscheinen im Oktober in einer 1100 Seiten starken zweibändigen Ausgabe. Doch erst durch die einbändige Ausgabe 1903 kommt der Durchbruch – die Buddenbrooks werden der bis heute wichtigste Bucherfolg des S. Fischer Verlages. Auch Jakob Wassermanns Die Geschichte der jungen Renate Fuchs kommt in diesem Jahr als Buch heraus – der Roman wird ein veritabler »Longseller«: über ein Vierteljahrhundert wird er immer wieder neu aufgelegt.
1903 wird Hermann Hesse Autor des Verlages. Gleich das erste Buch, Peter Camenzind, wird zu einem großen Erfolg. 1905 erscheint Unterm Rad, von 1907 bis 1912 drei Erzählbände.
1908 wird mit »Fischers Bibliothek zeitgenössischer Romane« erfolgreich versucht, anspruchsvolle Literatur einem großen Publikum zugänglich zu machen. Monatlich wird ein Band veröffentlicht – der Pappband kostet eine Mark, die Leinenausgabe eine Mark fünfundzwanzig. Den Auftakt der Reihe macht der Roman L'Adultera von Theodor Fontane.
1914 – Der Erste Weltkrieg bewirkt zunächst einen starken Rückgang der Nachfrage nach belletristischer Literatur, die aber 1915 wieder ansteigt. Otto Flake und Alfred Döblin werden Fischer-Autoren. Eine besonders wichtige Stellung im Verlagsprogramm haben die vielgelesenen Werke des Managers, Schriftstellers und Politikers Walter Rathenau. Gegen Ende des Krieges gerät die gesamte Buchwirtschaft, und mit ihr der S. Fischer Verlag, in zunehmende Schwierigkeiten. Eine Fusion des S. Fischer Verlages und des Kurt Wolff Verlages scheitert knapp. Seit 1917 arbeitet der Schriftsteller Oskar Loerke als Lektor für den Verlag.
1919 Demian. Die Geschichte einer Jugend eines gewissen »Emil Sinclair« erscheint im S. Fischer Verlag. Das Buch wird rasch zum Bestseller. Mit »unheimlicher Genauigkeit« habe dieses Buch den Nerv der Zeit getroffen, so Thomas Mann später. Erst ein Jahr später enthüllt Hermann Hesse seine Autorschaft, worauf das Buch unter dem Titel Demian. Die Geschichte von Emil Sinclairs Jugend neu erscheint.
1924 erscheint Thomas Manns Roman Der Zauberberg. Der Erfolg dieses Buchs kommt nicht unbedingt erwartet – schon nach wenigen Tagen ist die erste Auflage vergriffen. Der Zauberberg wird in viele Sprachen übersetzt. In den frühen zwanziger Jahren erhält die englischsprachige Literatur einen deutlichen Akzent im Verlagsprogramm, zum Beispiel erscheinen Werke von Walt Whitman, Eugene O'Neill, Joseph Conrad und John Dos Passos.